Addisonova choroba: Imunitný systém napáda kôru nadobličiek, čo vedie k nedostatočnej produkcii steroidných hormónov.
Autoimunitná polyglandulárna syndróm: Skupina ochorení zahŕňajúca zlyhanie viacerých endokrinných žliaz v dôsledku autoimunitného procesu.
Schmidtov syndróm: Kombinované zlyhanie nadobličiek a štítnej žľazy s možným rozvojom diabetes mellitus 1. typu.
Autoimunitná hypofyzitída: Zápal hypofýzy spôsobujúci nedostatočnú produkciu jedného alebo viacerých hypofyzárnych hormónov.
Autoimunitná ooforitída: Zápal vaječníkov spôsobujúci predčasné zlyhanie vaječníkov a infertilitu.
Autoimunitná orchitída: Zápal semenníkov spôsobujúci poruchy tvorby spermií a znížené hladiny testosterónu.
Primárna ovariálna insuficiencia: Predčasné zlyhanie funkcie vaječníkov, často spôsobené autoimunitným procesom.
Gastrointestinálny trakt
Crohnova choroba: Chronický zápal ktorejkoľvek časti tráviaceho traktu, najčastejšie postihujúci koniec tenkého čreva.
Ulcerózna kolitída: Zápal sliznice hrubého čreva a konečníka, charakterizovaný opakujúcimi sa epizódami hnačky s prímesou krvi.
Celiakia: Autoimunitná reakcia na lepok (glutén), ktorá poškodzuje výstelku tenkého čreva a bráni vstrebávaniu živín.
Mikroskopická kolitída: Typ zápalového ochorenia čreva s normálnym endoskopickým nálezom, ale s patologickými zmenami viditeľnými pri mikroskopickom vyšetrení.
Autoimunitná hemolytická anémia: Imunitný systém produkuje protilátky proti vlastným červeným krvinkám, čo vedie k ich predčasnému zničeniu.
Idiopatická trombocytopenická purpura (ITP): Autoimunitné ochorenie, pri ktorom protilátky ničia krvné doštičky, čo spôsobuje zvýšený sklon ku krvácaniu.
Vaskulitída: Skupina ochorení charakterizovaných zápalom a poškodením cievnych stien.
Takayasuova arteritída: Zápal veľkých tepien, najmä aorty a jej hlavných vetiev, postihujúci prevažne mladé ženy.
Obrovskobunková arteritída (temporálna arteritída): Zápal stredne veľkých a veľkých tepien, najčastejšie temporálnej artérie.
Polyarteritis nodosa: Systémová nekrotizujúca vaskulitída postihujúca stredne veľké tepny, ktorá môže viesť k poškodeniu orgánov.
ANCA-asociovaná vaskulitída: Skupina ochorení vrátane granulomatózy s polyangiitídou (Wegenerova granulomatóza), mikroskopickej polyangiitídy a eozinofilnej granulomatózy s polyangiitídou (Churg-Straussov syndróm).
Behçetova choroba: Multisystémová vaskulitída spôsobujúca opakujúce sa vredy v ústach a na genitáliách, uveitídu a kožné lézie.
Kryoglobulinémia: Prítomnosť abnormálnych proteínov v krvi, ktoré zrážajú sa pri nízkych teplotách a môžu spôsobiť vaskulitídu.
Antifosfolipidový syndróm: Autoimunitná porucha spôsobujúca zvýšenú zrážanlivosť krvi a riziko trombózy.
Obličky
Glomerulonefritída: Zápal glomerulov (filtračných jednotiek) v obličkách, ktorý môže byť spôsobený autoprotilátkami alebo imunitnými komplexmi.
Goodpastureov syndróm: Autoimunitné ochorenie, pri ktorom protilátky napádajú bazálne membrány obličkových glomerulov a pľúcnych alveolov.
IgA nefropatia (Bergerova choroba): Ochorenie charakterizované usadzovaním imunoglobulínu A v glomeruloch, čo vedie k ich poškodeniu.
Membranózna nefropatia: Poškodenie glomerulárnej bazálnej membrány spôsobené ukladaním imunoglobulínov a komplementu.
Fokálna segmentálna glomeruloskleróza: Jazvy v niektorých glomeruloch, často spôsobené autoimunitným procesom.
Tubulointersticiálna nefritída: Zápal tubulointersticiálneho tkaniva v obličkách, ktorý môže mať autoimunitnú príčinu.
Rýchlo progredujúca glomerulonefritída: Rýchly pokles funkcie obličiek spôsobený závažným zápalom glomerulov.
Renálna vaskulitída: Zápal ciev v obličkách, ktorý môže byť súčasťou systémových vaskulitíd.
Minimálne-zmenová glomerulonefritída: Ochorenie spôsobujúce masívnu proteinúriu bez výrazných štrukturálnych zmien viditeľných pri svetelnej mikroskopii.
Pľúca
Sarkoidóza: Zápalové ochorenie, ktoré vedie k tvorbe granulómov najmä v pľúcach, ale môže postihnúť aj iné orgány.